Le nouveau variant du Covid-19 en provenance d’Afrique du Sud : ce que nous savons jusqu’à présent

27 novembre 2021 Mis à jour: 28 novembre 2021
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Des scientifiques sud-africains ont découvert un nouveau variant du Covid-19 qui, selon eux, pourrait être à l’origine de la récente flambée d’infections dans le pays, ce qui a semé la panique dans le monde entier. Les pays craignent la propagation internationale de ce variant qui présente de nombreuses mutations.

L’Afrique du Sud connaissait un taux de 200 nouveaux cas confirmés par jour jusqu’à récemment, lorsque le nombre est soudainement passé à 2 465 jeudi. Les scientifiques ont étudié des échantillons de virus provenant de l’épidémie – concentrée principalement dans le Gauteng, la province la plus peuplée du pays et où se trouve Johannesburg – et ont découvert le nouveau variant que l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a baptisé Omicron vendredi.

« Voici un variant aux mutations très préoccupantes », a déclaré le ministre de la Santé, Joe Phaahla, lors d’un point de presse jeudi. Il a ajouté que le dernier variant est à l’origine de la « hausse exponentielle » des cas, mais que les experts tentent toujours de le confirmer, (établir un lien réel demande du temps).

Actuellement, rien n’indique que le variant soit arrivé aux États-Unis. La plupart des cas sont encore concentrés en Afrique du Sud, d’autres étant signalés au Botswana, en Israël et à Hong Kong, où l’infection a été identifiée chez des voyageurs en provenance d’Afrique du Sud. La Belgique a signalé son premier cas vendredi.

De nombreuses mutations

Le scientifique sud-africain Tulio de Oliveira a déclaré lors du point de presse de jeudi que le variant Omicron présentait une « constellation unique » de plus de 30 mutations de ses protéines spike, ce qui est nettement supérieur au variant Delta. Comme les protéines spike se lient aux cellules infectées, un nombre élevé de mutations peut influer sur la facilité avec laquelle le variant se propage dans la population.

Le variant, anciennement connu sous le nom de B.1.1.529, contient un total de 50 mutations. Il présente 10 mutations sur le récepteur ACE2, qui permet au virus d’infecter les cellules humaines, contre 3 pour le variant Beta, et 2 pour le Delta, selon M. de Oliveira.

Le professeur Sharon Peacock, responsable du Consortium britannique de génomique Covid-19, a déclaré à Reuters qu’« il s’agit d’un variant plus transmissible », avec « un nombre important de mutations détectées vraiment inconnues ». Elle a ajouté que des études sont menées dans l’urgence en Afrique du Sud, elles nécessiteront plusieurs semaines avant d’être achevées.

Lawrence Young, virologue à l’université de Warwick, a déclaré à l’AP que le variant « semble se propager rapidement », même s’il n’est actuellement présent que dans certaines régions d’Afrique du Sud.

Selon le professeur Richard Lessells, de l’université du KwaZulu-Natal en Afrique du Sud, le dernier variant présente des similitudes avec les variants Beta et Lambda, en ce sens qu’il est susceptible d’échapper à l’immunité.

« Tous ces éléments nous font craindre que ce variant n’ait pas seulement une transmissibilité accrue, c’est-à-dire qu’il se propage plus efficacement, mais qu’il soit également capable de contourner certaines parties du système immunitaire et la protection dont il dispose », a déclaré M. Lessells.

Les cas d’infection ont surtout été constatés chez les jeunes. Selon M.Phaahla, seuls 25 % des 18-34 ans sont actuellement vaccinés dans le pays.

Comme le variant Alpha, la dernière itération pourrait provenir d’un seul individu immunodéprimé qui aurait pu modifier génétiquement le virus lorsque son organisme n’a pu s’en débarrasser à temps.

Restrictions de voyage

Les responsables américains, sous la direction du Dr Anthony Fauci, sont en pourparlers avec leurs homologues sud-africains pour évaluer la gravité de la situation et obtenir plus de détails sur ce variant. On ne sait pas encore si les États-Unis imposeront des restrictions concernant les voyages.

Même si des restrictions sont imposées, les virus ont une façon de se propager et ce n’est qu’une question de temps avant qu’ils n’atteignent les côtes du pays, a déclaré à l’Associated Press le Dr Michael Osterholm, spécialiste en maladies infectieuses à l’université du Minnesota.

« Nous avons démontré à maintes reprises que lorsque le variant apparaît n’importe où dans le monde, vous pouvez à peu près être sûr qu’il se répandra partout », a-t-il déclaré.

Les voyageurs originaires d’Afrique du Sud, du Botswana, de Namibie, du Zimbabwe, du Lesotho et d’Eswatini (anciennement Swaziland) doivent s’isoler pendant 10 jours à leur arrivée au Royaume-Uni. L’Union européenne envisage d’interdire tous les vols en provenance d’Afrique australe.

L’Inde a ordonné des tests et un dépistage détaillé des personnes en provenance d’Afrique du Sud, du Botswana et de Hong Kong. Le Japon a également restreint les voyages en provenance des pays d’Afrique australe.

L’OMS a convoqué une réunion d’experts pour évaluer la gravité de l’épidémie.

« Nous ne savons pas encore grand-chose à ce sujet. Ce que nous savons, c’est que ce variant présente un grand nombre de mutations, et ce qui est inquiétant, c’est que lorsque vous avez autant de mutations, cela peut avoir un impact sur le comportement du virus », a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de l’OMS pour le Covid-19, lors d’une discussion sur les réseaux sociaux jeudi, selon ABC News.

Comme il n’existe qu’un nombre inférieur à 100 séquences complètes du génome de ce variant, les effets des vaccins existants ne peuvent être déterminés. « Il nous faudra quelques semaines pour comprendre l’impact de ce variant sur tout vaccin potentiel, par exemple », a déclaré M. Van Kerkhove.


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